Yra keletas galimų trombocitų perpylimo šalutinių poveikių, tačiau sunkios reakcijos į gydymą yra retos. Kai kurie dažniausiai pasitaikantys trombocitų perpylimo šalutiniai reiškiniai yra aukšta temperatūra, niežulys, bėrimas ir drebulys. Daugelio nepageidaujamų reakcijų į gydymą galima išvengti, jei skiriami aferiniai trombocitai. Šio tipo trombocitai buvo išfiltruoti iš elementų, kurie, kaip manoma, gali padaryti didžiausią žalą.
Siekiant sumažinti galimo šalutinio poveikio poveikį, trombocitų perpylimo metu pacientai yra atidžiai stebimi. Jei perpylimo metu pacientui pasireiškia nepageidaujama reakcija, gydymas nutraukiamas. Vaistai taip pat paprastai skiriami reakcijos simptomams gydyti.
Perpylimų veiksmingumas gali sumažėti po kelių procedūrų – būklė, kuri paprastai žinoma kaip neatspari transfuzijai. Yra dvi pagrindinės šios būklės priežastys: imuninė ir neimuninė. Imuniteto sukeltas trombocitų veiksmingumo sumažėjimas gali būti dėl to, kad imuninė sistema atmeta gaunamus trombocitus kaip pašalinius objektus ir sunaikina juos dar nespėjus cirkuliuoti visame kūne. Jei taip atsitiks, gydytojas gali ištirti paciento kraują ir ieškoti artimesnio trombocitų atitikmens, tikėdamasis rasti perpylimą, kurį organizmas priims. Neimuninės trombocitų priėmimo problemų priežastys yra reakcija į priešgrybelinius vaistus, padidėjusi blužnis, kuri sulaiko trombocitus ir neleidžia jiems patekti į kraują, ir neįprastai aukšta temperatūra.
Trombocitų perpylimas pirmiausia skiriamas pacientams, kurių sveikų trombocitų skaičius yra mažas dėl kraujo netekimo, kraujavimo, nepakankamos trombocitų gamybos ar pažeistų trombocitų. Kai kurios dažniausiai pasitaikančios sąlygos, dėl kurių gydymo metu gali prireikti transfuzijos, yra autoimuninio trūkumo sindromas (AIDS), daugybinė mieloma, aplazinė anemija ir organų transplantacijos dalyviai. Jie taip pat dažnai skiriami pacientams, kuriems atliekama kaulų čiulpų transplantacija arba chemoterapija leukemijai gydyti.
Daugeliu atvejų reikia kelių trombocitų perpylimų, kad jų skaičius padidėtų iki tinkamo lygio. Įprastą gydymo grafiką sudaro du perpylimai per savaitę. Paprastai gydytojas gali pasakyti, ar perpylimai veikia ir kada juos galima sustabdyti, išmatuodamas jaunus trombocitus su RNR, dar vadinamus tinkliniais trombocitais. Jei tokių trombocitų skaičius didėja, organizmas vėl gamina savo trombocitus, o ne priklausomai nuo transfuzijų.