Dažnai manoma, kad antiseptikai ir antibiotikai yra vienodi dėl jų bendrų savybių, tačiau yra keletas esminių skirtumų, pagal kuriuos jie abu skiriasi. Paprastai antiseptikai susilpnina ir sulėtina bakterijų ir kitų mikroorganizmų augimą, o tai savo ruožtu padeda užkirsti kelią bakterijoms sukelti tolesnę infekciją. Tačiau antibiotikai iš tikrųjų naikina bakterijas, taip pat kai kurias grybelių ir parazitų rūšis. Skirtingai nuo daugelio antiseptikų, ilgai vartojant, bakterijos gali tapti atsparios antibiotikams. Kai kurie antiseptikai gali trukdyti gijimo procesui ir pabloginti žaizdos būklę.
Vienas iš pagrindinių skirtumų tarp antiseptikų ir antibiotikų yra tai, kaip jie veikia prieš bakterijas ir kitus mikroorganizmus. Antiseptikai tik sulėtina bakterijų augimą, o ne iš tikrųjų jas naikina. Tačiau, skirtingai nei antibiotikai, antiseptikai taip pat yra veiksmingi ir kitiems mikroorganizmams, todėl gali būti naudingi kovojant su kitomis infekcijomis. Antibiotikai naikina bakterijas, tačiau manoma, kad jie neveiksmingi daugeliui kitų infekcijų tipų. Manoma, kad antibiotikai gali kovoti su tam tikrais parazitais ir grybeliais organizme, tačiau jiems paprastai reikia recepto, nes jie laikomi stipresniais.
Svarbus skirtumas tarp antiseptikų ir antibiotikų yra tas, kad po ilgo vartojimo arba nebaigus antibiotikų terapijos, bakterijos gali sukurti imunitetą tam tikriems antibiotikams. Nepatvirtinta, kad bakterijos turi tokią pačią reakciją, kai ilgai vartojamas antiseptikas. Kad išvengtų imuniteto antibiotikams, sveikatos priežiūros specialistas gali rekomenduoti visiškai užbaigti antibiotikų terapiją, kad įsitikintų, jog visos bakterijos buvo nužudytos, arba tam tikroms ligoms gydyti naudoti skirtingus antibiotikus.
Tam tikri antiseptikų tipai taip pat gali slopinti gijimą ir sudirginti odą, todėl dažnai reikia naudoti specifinius metodus. Pavyzdžiui, vandenilio peroksidas gali reikalauti, kad sritis visiškai išdžiūtų prieš naudojant tvarstį, o fenolis gali dar labiau pakenkti odai, jei naudojamas tvarstis. Panašaus šalutinio antibiotikų poveikio nežinoma. Taigi, jei odos žaizdoms gydyti galima pasirinkti tarp antiseptikų ir antibiotikų, paprastai rekomenduojama naudoti antibiotikų kremą.
Dėl ribotos antiseptikų funkcijos jie dažniausiai naudojami lokaliai, kad į atviras žaizdas nepatektų daugiau bakterijų ir kitų mikroorganizmų, tačiau kai kurių burnos antiseptikų yra. Yra keletas retų atvejų, kai antiseptikai ir antibiotikai gali būti tinkami gydyti tą pačią infekciją, pvz., tam tikras šlapimo takų infekcijas. Šiuo atveju tikslus gydymas gali būti nustatomas atsižvelgiant į šlapimo takų infekcijos sunkumą ir tipą. Antibiotikai pirmiausia vartojami per burną, dažniausiai penicilino pavidalu, siekiant sunaikinti infekciją organizme. Yra keletas antibiotikų, kuriuos galima vartoti lokaliai, ir, kaip ir vartojant geriamuosius antibiotikus, jiems paprastai reikia recepto.