Pagrindinis skirtumas tarp ateisto ir agnostiko yra tas, kad ateistas netiki, kad Dievas ar dievai egzistuoja, tuo tarpu agnostikas nėra tikras, nes, anot jų, neįmanoma įrodyti Dievo ar dievų egzistavimo. Ateistas gali būti silpnas ateistas arba stiprus ateistas. Silpnas ateistas gali pasakyti: „Aš nesu tikras, ar dievai egzistuoja, todėl aš jų negarbinu. Stiprus ateistas komentuoja: „Nėra nei Dievo, nei dievų“.
Kai kurie žmonės ateisto ar agnostiko terminus vartoja pakaitomis. Kiek iš tikrųjų yra skirtumas tarp silpno ateisto ir agnostiko? Tiesą sakant, yra tam tikras skirtumas. Ateistas, nesvarbu, silpnas ar stiprus, neieško dvasinės prasmės ieškodamas dievo įrodymo. Kita vertus, agnostikas gali ieškoti įrodymų arba būti atviras įrodymams ar tikėjimui, kurį žmonės naudoja apibrėždami dievą. Agnostikas nebūtinai atmeta, kad tikėjimas gali ateiti pas jį ar ją kada nors ateityje.
Kita vertus, ateistas visiškai atmeta mintį apie atsivertimą į tikėjimą į Dievą. Net jei ateistas yra silpnas, jis ar ji nesirenka garbinti jokio dievo. Tai nereiškia, kad visi ateistai liks ateistais iki gyvos galvos, tačiau daugelis tai daro.
Vienas iš pagrindinių ateizmo argumentų yra tai, kad Dievas niekaip negali egzistuoti. Kaip visagalė būtybė galėtų leisti užklupti žemėje vykstančias blogybes, tokias kaip genocidas? Kodėl visagalė būtybė turėtų ignoruoti daugybę pagalbos šauksmų, kuriuos išgirsta iš tikinčiųjų?
Dauguma žmonių, tikinčių Dievą, teigia, kad melstis nereiškia, kad yra garantuotas atsakymas į savo maldas. Be to, Dievo keliai yra paslaptingi ir viršija žmonių supratimą, todėl negalime iki galo suprasti, kodėl Dievas pasirinko laissez-faire politiką pasaulyje.
Agnostikas gali užduoti tuos pačius klausimus kaip ateistas, bet kartais gali įvertinti paslaptingus būdus, kuriais dievas ar dievai gali judėti. Agnostikas taip pat gali preliminariai tikėti protingu buvimu, bet tiki, kad religijos yra įklimpusios į doktriną ir nesugebėjo aiškiai apibrėžti tokio buvimo. Agnostiko teiginys vėl gali būti toks: „Kartais galvoju, kad ten gali būti kažkas, bet nesu tikras, kas tai yra“.
Taigi pagrindiniai skirtumai tarp ateisto ir agnostiko yra susiję su atvirumu klausimu, ar Dievas egzistuoja. Agnostikas ieško įrodymų arba transformuojančios tikėjimo patirties. Kita vertus, ateistas atsisako pagerbti jokį dievą, nes tiki, kad dievo nėra.