Egzokrininės ir endokrininės liaukos, nors kai kuriais atžvilgiais yra panašios, organizme atlieka skirtingus tikslus. Išorinės sekrecijos liaukos išskiria gleives arba baltymus į kūno išorę, o endokrininės liaukos išskiria hormonus į kraują. Įvairios medžiagos, kurias gamina išorinės sekrecijos liaukos, dažnai naudojamos įvairioms sistemoms sutepti, išvalyti organizmą nuo kenksmingų mikroorganizmų ar reguliuoti kūno temperatūrą. Kita vertus, endokrininės išskyros dažniausiai naudojamos sudėtingoje organizmo komunikacijos sistemoje ir gali sukelti įvairius kūno chemijos pokyčius. Nors egzokrininės ir endokrininės liaukos yra naudojamos įvairiems kūno procesams, tik endokrininės liaukos gali susisiekti su tolimomis kūno sistemomis.
Vienas iš pagrindinių skirtumų tarp egzokrininių ir endokrininių liaukų yra jų vieta organizme. Dažniausiai egzokrininės liaukos yra šalia odos paviršiaus arba kūno ertmėse, kurios veda į kūno išorę, pavyzdžiui, akis, nosį, burną ar lytinius organus. Virškinimo sistemoje taip pat yra egzokrininių liaukų, kurias galima rasti per visą jos ilgį. Kita vertus, endokrininės liaukos dažnai randamos giliai kūno viduje. Antinksčiai, esantys inkstų viršuje, ir hipofizė, esantys smegenyse, yra dvi labiau žinomos endokrininės sistemos liaukos.
Kitas skirtumas tarp egzokrininių ir endokrininių liaukų yra jų paskirtis. Daugelis egzokrininių liaukų gamina gleives – gleivėtą medžiagą, sudarytą iš glikoproteinų ir vandens, kurios naudojamos organams, tokiems kaip akys ir stemplė, sutepti ir sugauti kenksmingas medžiagas, kurios bando patekti į organizmą per gleivines. Kai kurios iš šių liaukų išskiria baltymus, kurie gali padėti virškinti. Išorinės sekrecijos liaukos, esančios šalia odos paviršiaus, išskiria prakaitą – medžiagą, kuri naudojama kūnui atvėsinti, jei vidinė temperatūra tampa per aukšta.
Endokrininės liaukos išskiria hormonus, kurie kontroliuoja daugelį organizme vykstančių procesų. Hipofizė yra atsakinga už augimą ir lytinę brandą bei daugybę kitų procesų. Kai žmogus patenka į pavojingą situaciją, išskyros iš antinksčių liepia širdžiai plakti greičiau, o kraujospūdžiui – ruošiantis kovoti ar bėgti nuo pavojaus. Šios ir kitos endokrininės sistemos liaukos išskiria hormonus į žmogaus kraują, siunčiant žinutes, kurias galima gauti visame kūne.