Pagrindinis skirtumas tarp elektroninės komercijos ir elektroninio verslo yra tai, kad elektroninė prekyba yra didesnio elektroninio verslo pasaulio padalinys ir apima tik išorinius elektroninio verslo aspektus. Šie išoriniai procesai apima bet kokius el. verslo aspektus, turinčius įtakos klientams, tiekėjams ir išoriniams partneriams. Didesnis elektroninio verslo apibrėžimas apima šiuos išorinius ir vidinius procesus. Vidinių procedūrų pavyzdžiai yra finansai, atsargų kontrolė, gamybos procesai, žmogiškieji ištekliai ir interneto svetainių kūrimas.
Paprasčiausiai elektroninė prekyba reiškia pinigų keitimą į prekes ar paslaugas elektroniniais tinklais. Tačiau nors realus pardavimas patenka į elektroninės prekybos kategoriją, verslas, skirtas šviesti, išlaikyti ir pritraukti naujų klientų, yra laikomas elektroniniu verslu. Elektroninė prekyba yra neatsiejama visos elektroninio verslo strategijos dalis, tačiau yra tik viena elektroninio verslo plano ypatybių.
Yra keletas elektroninės prekybos ir elektroninio verslo elementų, dėl kurių jie labai skiriasi vienas nuo kito; nors dirbant kartu, vienas tiesiogiai veikia kito rezultatus. Elektroninė prekyba koncentruojasi tik į tas el. verslo dalis, su kuriomis bendraus vartotojas, tiekėjas ar išorinis partneris. Klientų aptarnavimas, pardavimas, užsakymų priėmimas ir pristatymas, komercinės žiniatinklio programos ir gamybinės medžiagos bei biuro reikmenų įsigijimas yra į išorę nukreipti procesai, todėl priskiriami el. prekybai.
Mažesnėms įmonėms arba verslo pradžiai skirtumai tarp elektroninės prekybos ir elektroninio verslo gali nekelti didelio rūpesčio. Juk naujo verslo tikslas – sukelti susidomėjimą ir parduoti produktus ar paslaugas. Tačiau augant įmonei keičiasi ir jos perspektyva. Tokios problemos kaip klientų išlaikymas, atsargų valdymas ir rinkodaros strategijos tampa svarbiausiomis verslo sėkmei. Didelėje įmonėje dėmesys krypsta į šiuos užkulisinius aspektus, kuriant didesnį elektroninio verslo modelį; jei įmonė nesugebės susikoncentruoti ties šiais aspektais, gali kilti pavojus verslo ateičiai.
Elektroninės verslo strategijos kūrimas išryškina elektroninės prekybos ir elektroninio verslo skirtumus. Ši platesnė taikymo sritis dažnai reiškia viso verslo pertvarkymą. Tinkamo laiko nustatymas tokiai struktūrinei pertvarkai yra labai svarbus jos sėkmei. Bus atsižvelgta į naujas perspektyvas, versle keisis pareigos, bus mokomasi nuodugniau išmanyti elektroninių tinklų technologijas.
Interneto rinkodaros ekspertai ir verslo specialistai yra linkę sutikti, kad elektroninio verslo planas su tvirtu elektroninės prekybos padaliniu yra gyvybiškai svarbus verslo ilgaamžiškumui. Net vyriausybėms buvo patarta įsitraukti į elektroninio verslo žaidimą. Bendras vyriausybės planas vadinamas e. viešųjų paslaugų strategija, kurioje elektroninė prekyba vaidina svarbų vaidmenį.