Yra keletas skirtumų tarp sudėtinio ir skilimo mikroskopo. Nors kiekvienas iš šių įrankių naudojamas objekto, kuris yra ant mikroskopo scenos, padidinimui, šių dviejų įrenginių padidinimo dydis labai skiriasi. Jie taip pat yra sukonstruoti įvairiais būdais, daugiausia atsižvelgiant į objektyvų lęšius ir akių dalis.
Vienas iš pagrindinių skirtumų tarp junginio ir skrodžiamojo mikroskopo yra padidinimas, kurį galima pasiekti naudojant kiekvieną iš šių įrankių. Sudėtiniai mikroskopai paprastai gali padidinti objektą 400 kartų, nors neretai randamas sudėtinis mikroskopas, galintis padidinti objektą 1,000 kartų. Kita vertus, skrodžiantys mikroskopai paprastai padidina objektą tik 40 ar mažiau kartų.
Šių didinimo galių skirtumų priežastys taip pat išskiria vieną nuo kito sudėtinį ir skilimo mikroskopą. Sudėtiniai mikroskopai dažniausiai naudojami labai mažiems, santykinai ploniems daiktams, pavyzdžiui, ląstelėms, apžiūrėti. Disekciniai mikroskopai naudojami didesniems objektams, kurių gylis yra didesnis, pavyzdžiui, žiedadulkių grūdams, apžiūrėti. Kaip rodo jų pavadinimas, skrodžiantys mikroskopai taip pat dažnai naudojami smulkioms gyvybės formoms, pavyzdžiui, vabzdžiams, išskrosti.
Sudėtiniuose ir skilimo mikroskopuose taip pat naudojami skirtingi lęšiai. Disekciniai mikroskopai dažnai turi tik vieną objektyvą, kuris leidžia padidinti objektą tam tikru didinimo diapazonu, pvz., 10–30 arba 20–40 kartų. Sudėtiniame mikroskope yra trys objektyvo lęšiai: vienas leidžia pamatyti objektą maždaug tokiu pat padidinimu kaip ir skilimo mikroskopas, kitas, kuris didina maksimalia galia, dažnai 400 kartų, ir vienas tarpinis. Sudėtinio mikroskopo objektai taip pat yra daug arčiau scenos nei skrodžiamojo mikroskopo. Papildoma erdvė tarp scenos ir objektyvo skrodimo mikroskopuose suteikia žiūrovui erdvės manipuliuoti subjektu jį tyrinėjant.
Kitas skirtumas tarp sudėtinio ir skrodžiamojo mikroskopo yra tas, kad skaidomasis mikroskopas visada gaminamas su dviem akiniais, kad žiūrovas galėtų žiūrėti į objektą abiem akimis. Tai leidžia į objektą žiūrėti trimis matmenimis. Kita vertus, sudėtiniai mikroskopai dažnai gaminami tik su vienu okuliaru. Nors yra sudėtinių mikroskopų su dviem okuliarais, jie leidžia žiūrovui pamatyti tik ploną objekto gabalėlį, net jei jis yra trimatis, todėl paprastai pakanka vieno okuliaro.