Nors terminai „kalėjimas“ ir „kalėjimas“ kartais vartojami pakaitomis, dauguma teisėsaugos atstovų juos išskiria. Visų pirma, skirtumas yra tas, kad kalėjimas naudojamas vietinėse jurisdikcijose, tokiose kaip apskritys ir miestai, siekiant sulaikyti žmones trumpam laikui. Kalėjimas, arba įkalinimo įstaiga, yra administruojamas valstybės ir naudojamas nuteistiems nusikaltėliams apgyvendinti daug ilgesnį laiką. Abi yra didesnės bausmių sistemos, apimančios kitus baudžiamosios justicijos aspektus, pvz., teismus, teisėsaugą ir nusikalstamumo laboratorijas, dalis.
Kadangi kalėjimas skirtas tik trumpam laikui, jame paprastai yra mažiau patogumų nei kalėjime. Asmenys, laikomi kalėjime, turi prieigą prie vonios ir aprūpinami maistu bei vandeniu, o žemo saugumo kalėjime tam tikru paros metu jie gali bendrauti bendrose patalpose. Dauguma kalėjimų yra skirti laikyti labai mažam nusikaltėlių skaičiui, o saugumas yra gana silpnas, palyginti su kalėjimais, nors vietose, kuriose yra smurtas, kalėjimas gali būti vykdomas pagal labai griežtas taisykles. Įkalinimo įstaigoje laikomi asmenys, nuteisti atlikti trumpą bausmę, teismo laukiantys asmenys, dar nesumokėję užstato ir ką tik paimti sulaikytieji, įtariami padarę nusikaltimą. Nusikaltėliai nagrinėjami taikant užsakymo procedūrą, o po to baudžiamojo teisingumo sistema nusprendžia, ką su jais daryti.
Kalėjime patogumai yra daug platesni, nes kai kurie kaliniai gali tarnauti už grotų. Kalėjimuose yra mankštos zonos, bendros erdvės valgyti ir bendrauti žemesnio saugumo zonose, bažnyčios patalpos ir švietimo įstaiga, kurioje yra klasės, bibliotekos ir laboratorijos, kuriose galima dirbti ir mokytis. baltųjų apykaklių nusikaltimų, kalėjimas kartais gali būti supainiotas su viešbučiu. Daugeliu atvejų tikimasi, kad kaliniai dalinsis kameromis su kitais kaliniais, o dėl ilgos daugumos įkalinimo bausmių trukmės tarp kalinių susidaro sudėtinga socialinė ir politinė struktūra.
Kalėjime galima laikyti daug daugiau kalinių nei kalėjime, o saugumo sumetimais kaliniai paprastai yra atskiriami pagal nusikaltimų, už kuriuos jie buvo nuteisti, rūšis. Be to, šalyse, kuriose vis dar taikoma mirties bausmė, kalėjime yra patalpos mirties bausmei atlikti, taip pat būstas nusikaltėliams, nuteistiems tokia bausme. Apskritai, visa kalėjimo įstaiga yra labai griežtai apsaugota, net jei ne visi viduje esantys nusikaltėliai smurtauja, kad būtų išvengta pabėgimų ar galimo smurto tarp kalėjimo sparnų. Kalėjimo darbuotojai yra specialiai apmokyti dirbti kalėjimo aplinkoje, o kalėjimo valdymą prižiūri valstybės paskirta valdytojų taryba.