Kognityvinė elgesio terapija mokyklose paprastai skirta mokyti technikų, leidžiančių vaikui geriau susikaupti pamokose, koreguoti trikdantį elgesį arba tobulinti socialinius įgūdžius. Siekdamas panaudoti veiksmingus metodus ir atitinkamai gydyti problemą, terapeutas gali atlikti asmenybės įvertinimą, kad nustatytų tinkamą diagnozę, pvz., dėmesio stokos ir hiperaktyvumo sutrikimą (ADHD). Kognityvinės elgesio terapijos metodai taip pat gali apimti pratimų metodus vaikams, turintiems mokymosi sutrikimų, tokių kaip disleksija, arba psichologinių sutrikimų turinčių mokinių konsultavimą. Vaikai, gydomi nuo autizmo spektro sutrikimų, tokių kaip Aspergerio sindromas, taip pat gali gauti kognityvinę elgesio terapiją, kuri apima sąveiką, skirtą socialiniams įgūdžiams tobulinti. Kognityvinė elgesio terapija mokyklose kartais moko neverbalinio bendravimo metodų, tokių kaip akių kontakto užmezgimas ir šypsena.
Kai mokytojas ar psichologas įtaria, kad vaikas gali turėti psichologinių sutrikimų ar mokymosi sunkumų, galinčių pakenkti jo studijoms klasėje, gali būti rekomenduota kognityvinė elgesio terapija (CBT). Tikslas yra perkvalifikuoti arba pakeisti tam tikrus elgesio modelius, kad vaikas galėtų pagerinti savo socialinius įgūdžius, įveikti nerimą ar susikaupti klasėje. Apmokytas psichoterapeutas ar gydytojas gali atlikti intervenciją ir išmokyti įvairių metodų.
Prieš pradėdami kognityvinę elgesio terapiją mokyklose, dalyvaujantys mokiniai gali gauti asmenybės įvertinimus, kad įvertintų jausmus ar reakcijas į įvairias situacijas. Vyresnio amžiaus mokinio klausimynas gali pateikti atsakymus su daugybe atsakymų, susijusių su juo pačiu ir aplinkiniais. Jo gali būti paklausta, kaip jis reaguotų tam tikroje situacijoje arba kas jam kelia didžiausią nerimą.
Kai kuriems mokiniams, turintiems dėmesio stokos hiperaktyvumo sutrikimą, gali būti sunku susikaupti pamokoje. Kognityvinė elgesio terapija studentams, sergantiems ADHD, gali apimti nusistovėjusius metodus arba eksperimentinį gydymą. Terapija gali apimti kasdienes arba savaitines sesijas, trunkančias savaites, mėnesius ar kartais metus. Siekdami suvaldyti trumpalaikes mintis, kurios trukdo mokytis ADHD sergantiems mokiniams, ugdymo psichologai gali naudoti atlygio sistemą, kad pagirtų mažus vaikus, kurie gerai reaguoja į nurodymus, o kiti gali skirti studentams įvairias užduotis.
Mokiniai, turintys mokymosi sutrikimų, gali gauti kognityvinę elgesio terapiją mokyklose, kuriose teikiamas ir specialusis ugdymas. Kognityvinė elgesio terapija autistiškų vaikų mokyklose dažnai apima interaktyvius žaidimus ir psichologų ar terapeutų sukurtus užsiėmimus. Vaidmenų žaidimai taip pat gali būti sukurti terapiniais tikslais. Įvairios intervencijos skirtos savarankiškumui skatinti ir socialiniams įgūdžiams tobulinti.
Gydytojas arba psichologas taip pat gali rekomenduoti CBT gydyti psichologinius sutrikimus, turinčius įtakos mokyklinio amžiaus vaikams. Fobijos sutrikimai gali būti gydomi kognityvinės elgesio terapijos metodais. Gydymas gali apimti poveikio ir atsako metodus, skirtus sumažinti vaiko jautrumą. Metodai paprastai atliekami atidžiai vadovaujant apmokytam psichoterapeutui.