Kompiuterinės tomografijos (KT) nuskaitymo ir rentgeno spindulių skirtumai yra daug ir įvairūs – nuo pagaminto vaizdo kokybės iki reikiamo ploto įrangai patalpinti. Radiacijos apšvitos lygiai ir bendros įrangos sąnaudos taip pat yra reikšmingi skirtumai tarp kompiuterinės tomografijos ir rentgeno spindulių.
Kompiuterinė tomografija ir rentgeno spinduliai labai skiriasi priklausomai nuo vaizdo kokybės. Kaip rentgeno technologijos išplėtimas, atliekant kompiuterinės tomografijos nuskaitymus nuskaitomos kelios rentgeno nuotraukos aplink nuskaitomos kūno srities perimetrą. Naudojant šį metodą, gaunamas aiškus trimatis vaizdas iš kompiuterinės tomografijos, palyginti su dažnai neryškiu vaizdu plokščiame dvimačiame vaizde, gautame rentgeno spinduliais. Be aiškesnio vaizdo, naudojant kompiuterinę tomografiją galima gauti tikslesnius konkrečių sričių ar organų vaizdus, nei galima matyti rentgeno spinduliais.
Gydytojui nusprendžiant, ar reikia atlikti kompiuterinę tomografiją, ar rentgeno spinduliuotės, paciento spinduliuotės apšvitos lygis yra pagrindinis veiksnys. Atliekant kompiuterinę tomografiją sunaudojama daug daugiau spinduliuotės nei atliekant rentgeno spindulius, iš esmės todėl, kad KT nuskaitymas yra rentgeno spindulių serija, o ne vienas vaizdas. Padidėjęs spinduliavimas gali priskirti pacientui didesnę ląstelių pažeidimo rizikos kategoriją, jei ekspozicija yra per didelė. Dėl šios priežasties daugelis gydytojų gali pasirinkti kompiuterinę tomografiją tik tada, kai būtina nustatyti teisingą diagnozę.
Įrangos dydis tarp CT skenavimo ir rentgeno aparato yra dar vienas didelis skirtumas tarp dviejų tipų vaizdo gavimo įrangos. Rentgeno aparatai yra palyginti maži ir dažnai lengviau naudojami nei kontrastinis kompiuterinės tomografijos aparatas, kuris yra didelis ir sudėtingas valdyti. Paprastai pacientas turi gulėti arba stovėti prieš rentgeno negatyvą, kad gautų vaizdą. CT technologija reikalauja, kad pacientas įeitų į didelį cilindrinį žiedą, kuris sukasi aplink kūną, kad susidarytų vaizdas. Radiografo naudojama technologija taip pat reikalauja daugiau kompiuterinės tomografijos nei rentgeno spindulių.
Dėl kompiuterinės tomografijos dydžio ir padidėjusios technologinės pažangos įsigijimo, eksploatavimo ir būsto išlaidos yra daug didesnės nei rentgeno aparato. Kompiuterinė tomografija ir rentgeno spinduliai yra dvi įrangos dalys, dažniausiai matomos daugumoje ligoninių ar vaizdo gavimo įstaigų, net ir esant didesnei KT nuskaitymo kainai. Abi technologijos gali būti pagrindinės medicinos specialistų diagnostikos priemonės. Visus susirūpinimą dėl būtinumo tarp kompiuterinės tomografijos ir rentgeno spindulių turi spręsti gydytojas.