Kompiuterių inžinerija ir informatika turi daug sutampančių savybių, tačiau pagrindinis skirtumas yra tame, kaip naudojami įgyti įgūdžiai. Nors kompiuterių inžinerija daugiau dėmesio skiria techninei įrangai ir elektronikai, kompiuterių mokslas daugiausia dėmesio skiria kompiuterių programavimui ir programinės įrangos projektavimui. Abi sritys apima pažangiosios matematikos, fizikos ir programavimo studijas, tačiau kompiuterių inžinieriai labiau linkę panaudoti šiuos įgūdžius kurdami aparatinę įrangą, o ne kurdami programas. Todėl kompiuterių mokslininkai naudojasi savo žiniomis, kad suprastų, kaip veikia programos ir operacinės sistemos bei kaip sukurti geresnius programinės įrangos sprendimus aparatinei įrangai.
Kompiuterių inžinerijos ir informatikos studijų programų studentai išklauso keletą kursų, kurie sutampa tarp programų. Abi programos paprastai reikalauja kelių skaičiavimo, tiesinės algebros, fizikos, kompiuterių architektūros, tinklų ir programavimo klasių. Pagrindinis skirtumas yra tas, kad informatikos studentai lanko daug daugiau programinės įrangos projektavimo, duomenų algoritmų ir operacinių sistemų kursų nei kompiuterių inžinerijos studentai. Kompiuterių inžinerijos studentai lanko keletą elektronikos, dirbtinio intelekto, skaitmeninių logikos grandinių ir skaitmeninės aparatinės įrangos kursų ir linkę studijuoti daugiau fizinių sąvokų. Tiek kompiuterių inžinerijos, tiek informatikos studentai dažniausiai baigia studijas atlikdami didelį projektą, kuriame parodomi jų išmokti gebėjimai.
Kompiuterių inžinerija apima daug daugiau fizinio požiūrio nei kompiuterių mokslas. Kompiuterių inžinieriai kuria kompiuterių tinklus, montuoja techninę įrangą ir įterpia kompiuterines sistemas į daugybę objektų. Jie gali surinkti grandines plokštes ar net dirbti laboratorijoje, kad surastų būdą, kaip padaryti kompiuterius efektyvesnius ar nešiojamesnius. Kompiuterių inžinieriai taip pat gali dirbti su kompiuterių mokslininkais, kai mokslininkai kuria programas, kurios bus naudojamos su kompiuterių inžinierių sukurtomis sistemomis. Nedidelis skirtumas tarp programavimo, naudojamo kompiuterių inžinerijoje ir kompiuterių moksle, yra tas, kad inžinieriai gali sukurti programą, kuri leidžia tinkamai veikti sistemai, ir leisti kompiuterių mokslininkams sukurti įvairias programas pagrindinei operacinei sistemai.
Kompiuterių mokslininkas daugiau dėmesio skiria abstrakčioms programinės įrangos inžinerijos detalėms, tačiau taip pat turi daug žinių apie aparatinę įrangą, kurią turi kompiuterių inžinieriai. Jie žino, kaip aparatinė ir programinė įranga veikia kartu, ir žino, kaip kurti programas, kurios išnaudotų aparatinės įrangos ypatybes. Kurdami savo programas kompiuterių mokslininkai naudojasi skaitmeninės analizės ir algoritmų žiniomis, siekdami užtikrinti, kad programa teisingai apskaičiuotų savo reikšmes. Jie kuria programinės įrangos pataisas, užbaigia programas ir net visas operacines sistemas ir paprastai dirba komandoje įmonėje, kurią sudaro programinės įrangos inžinieriai ir kiti kompiuterių mokslininkai.