Nors „Linux®“ ir „Windows®“ yra operacinės sistemos, skirtos naudoti asmeniniame kompiuteryje, tarp jų yra daug skirtumų. Pagrindinis skirtumas tarp Linux® ir Windows® yra kodo prieinamumas. „Linux®“ veikia pagal GNU viešąją licenciją, o tai reiškia, kad jos šaltinio kodas yra prieinamas visiems, kuriems rūpi jį ištirti ar pakeisti. Kad pamatytų tos operacinės sistemos kodą, žmogus turi būti kažkaip prisijungęs prie „Windows®“ gaminančios įmonės „Microsoft“.
Kitas esminis skirtumas tarp Linux® ir Windows® yra galimų versijų skaičius. „Microsoft“ yra vienintelė įmonė, gaminanti „Windows®“ operacinę sistemą, o keli gamintojai kuria „Linux®“ versijas. Asmuo, nusprendęs įdiegti Linux® savo kompiuteryje, gali rinktis iš Red Hat, Ubuntu, Debian ir daugybės kitų kompanijų.
„Linux®“ ir „Windows®“ naujinimų prieinamumas taip pat skiriasi. Nauja „Windows®“ versija paprastai pasirodo kas kelerius metus, nes „Windows 98®“ pakeitė „Windows 95®“, o „Windows Vista®“ 2006 m. pakeitė XP®, kuri buvo išleista 2001 m. pasirodyti kas pusmetį. Užuot įsigijęs visiškai naują operacinę sistemą, Linux® vartotojas paprastai gali pasirinkti atsisiųsti ir įdiegti naują platinimą iš savo naujinimų tvarkyklės. „Linux®“ ir jos naujų platinimų diegimas paprastai yra nemokamas.
Įdiegus naują platinimą iš naujinimų tvarkyklės išsaugomi asmens failai ir nuostatos. Asmuo, kuris naudoja Windows® ir kurį reikia atnaujinti, paprastai gali išsaugoti savo failus ir duomenis atnaujindamas vieną versiją į kitą. Tačiau paprastas atnaujinimas ne visada įmanomas. Kai kuriais atvejais vartotojui gali tekti visiškai pašalinti senesnę Windows® versiją ir įdiegti naują, todėl prarandami duomenys.
„Linux®“ ir „Windows®“ saugumo grėsmių valdymas skiriasi. Kadangi „Linux®“ yra atvirojo kodo ir kiekvienas gali pasiekti kodą, kad jį pataisytų, saugos problemos išsprendžiamos ir naujas kodas išleidžiamas daug dažniau nei „Windows®“. „Windows®“ paprastai kas mėnesį išleidžia klaidų taisymus ir saugos pataisas, o problemų sprendimas paprastai užtrunka ilgiau. Lėtesnis saugumo pažeidimų taisymo greitis suteikia įsilaužėliams ir kitiems, turintiems piktų kėslų, didesnį langą, per kurį gali pulti nieko neįtariančių asmenų kompiuterius.
„Linux®“ ir „Windows®“ taip pat skiriasi tuo, kaip pateikia duomenis vartotojui. Nors abi operacinės sistemos leidžia vartotojui pasirinkti tarp komandų eilutės sąsajos ir vadinamosios grafinės vartotojo sąsajos (GUI), komandų eilutės sąsajoje yra tik tekstas ir Windows® naudotojams ji gali būti pažįstama kaip MS-DOS. GUI yra darbalaukis su jo piktogramomis ir vaizdais, su kuriais susipažinę daugelis kompiuterių vartotojų. „Linux®“ paprastai turi daugiau galimybių savo vartotojams tiek GUI, tiek komandų eilutėje.