Yra dvi pagrindinės dvišalių (dvišalių simetriškų) gyvūnų grupės: protostomos ir deuterostomos. Jie taip pat vadinami superfilais, nes kiekviename yra keletas gyvūnų filų. Deuterostomos paprastai būna sudėtingesnės ir apima dygiaodžius, pusžiedžius, chordatus (visus stuburinius gyvūnus) ir keletą mažesnių filų. Protostomuose yra praktiškai visa kita, įskaitant nariuotakojus, anelidus, plokščiąsias kirmėles, moliuskus ir kt. Keletas mažų filų nėra klasifikuojami. Pagrindinis skirtumas tarp dviejų grupių yra tai, kaip jie vystosi kaip embrionai: protostomuose pirmoji embriono anga tampa burna, o deuterostomose – išangė.
Dauguma mokslininkų protostomuose atpažįsta bent tris superfilas – Lophotrochozoa, Edcysozoa ir Platyzoa. Šios superfilos buvo pasiūlytos atitinkamai 1995, 1997 ir 1998 m., remiantis molekuliniais ir morfologiniais įrodymais. Lophotrochozoans („žvėrelius su keteromis“) vienija lofoforas – aplink burną esantis blakstienuotų čiuptuvų žiedas, naudojamas maisto dalelėms sugriebti. Lophotrochozoan, kartais dar vadinami trochozoanais, apima apie tuziną filialų: Entoprocta, Mollusca, Annelida, Phoronida, Brachiopoda, Nemertea, Chaetognatha, Bryozoa, Myzostomida, Acoela ir Gnathostomulida. Dauguma lofotrochozojų yra jūriniai, o tai prasminga, nes blakstienoti burnos čiuptuvai maistui sugriebti yra naudingiausi po vandeniu.
Be lophotrochozoanų, kita daugiausia jūrinė protostomų superfila yra platyzos (“plokštieji gyvūnai”), kuriai priklauso plokščiosios kirmėlės ir daugybė svarbių mikroskopinių planktoninių gyvūnų, tokių kaip rotiferiai ir gastrotrichai. Platyzoanai išsiskiria arba tuo, kad nėra celomo (kūno ertmės), arba sumažėjusio koelomo, vadinamo pseudokoeliu. Vidutiniškai platyzos yra paprasčiausias iš protostomų superfilų, nors paprasti organizmai taip pat aptinkami tarp lophotrochozoanų. Platyzoans anksčiau buvo laikomi Lophotrochozoa nariais, tačiau dabar dauguma mokslininkų suteikia jiems savo grupę.
Paskutinės protostominės superfilos yra ekdisozojai, išsiskiriantys savo egzoskeletų išlydėjimu (ekdizė). Ecdisozoa yra sėkmingiausia ir plačiausiai paplitusi iš protostominių superfilų, įskaitant nariuotakojus (vėžiagyviai, vabzdžiai, cheliceratai ir daugiakojai), nematodai (apvaliosios kirmėlės), tardigradai, aksominės kirmėlės ir keletas mažesnių filų. Nematodai yra vieni iš gausiausių gyvūnų Žemėje, randami visose įmanomose aplinkose, įskaitant Antarktidą, o nariuotakojų yra daugiausia rūšių, tikriausiai daugiau nei 7 mln., o tai sudaro daugiau nei 90 % visos Žemės gyvūnų biologinės įvairovės. Nors yra daugybė kitų organizmų, kurie naudoja tam tikrą apvalkalą ar išorinę odelę, ekdisozojai yra akivaizdžiai veiksmingiausi evoliuciniu požiūriu.