Moksline ir biologine prasme pagrindinis menkių ir juodadėmių menkių skirtumas yra jų rūšies tipas. Abi žuvys iš tikrųjų priklauso tai pačiai gadidae šeimai, tačiau išsišakoja į skirtingą gentį, o juodadėmės menkės priklauso melanogrammus genčiai, o menkės yra metus. Apskritai šis menkių ir juodadėmių menkių rūšių skirtumas daugiausia lemia išvaizdos, mitybos įpročių ir buveinių skirtumus.
Šios žuvys gali būti labai panašios išvaizdos, tačiau akivaizdžiausias skirtumas tarp dviejų žuvų yra jų šoninės linijos, einančios nuo galvos iki uodegos. Menkė turi blyškią, balkšvą šoninę liniją, o juodadėmės menkės šoninė linija yra tamsiai juoda, taip pat kelios dėmės ant krūtinės peleko, esančios galvos šone. Juodadėmė menkė turi ilgesnį ir smailesnį pirminį nugaros peleką, esantį ant žuvies nugaros arčiausiai galvos, nei menkės. Juodadėmės menkės uodega taip pat yra labiau įgaubta nei bukas menkės uodegos galas. Abi žuvys taip pat skiriasi spalva: atrodo, kad menkė turi žalsvą, gelsvą atspalvį, o juodadėmė menkė yra pilkšvo, sidabrinio atspalvio.
Abi žuvys gyvena panašiuose arealuose, pavyzdžiui, Šiaurės Atlante ir Meino įlankoje. Tačiau jų buveinės gylis skiriasi tuo, kad menkės gyvena seklesniuose vandenyse nei juodadėmės menkės, kurios siekia gilesniuose vandenyse. Menkių yra 5–10 gelmių (9.14–18.28 metro) gylyje, o juodadėmės menkės gyvena nuo 20 iki 70 gelmių (36.57–128.01 metro) gylyje. Tikriausiai todėl menkės yra labiau linkusios peržvejoti nei juodadėmės menkės. Tiesą sakant, Pasaulio fondas (WWF) menkes įtraukė į nykstančią rūšį 2000 m., o 2010 m. Atlanto menkė buvo įtraukta į Greenpeace International „raudonąjį jūros gėrybių sąrašą“.
Kalbant apie mitybos įpročius, menkės ir juodadėmės menkės valgo panašų maistą, pavyzdžiui, jūros agurkus, kirmėles, trapias žvaigždes ir moliuskus. Skirtumas tas, kad menkė minta didesnio dydžio moliuskais ir krabais, o juodadėmės menkės ne. Juodadėmės menkės taip pat valgo daugiau kirminų nei menkės, tikriausiai todėl, kad vandenyno dugne gausu jūros kirminų. Kita vertus, menkės net bandytų gaudyti mažas jūrines antis netoli vandens paviršiaus.
Patyręs žvejys ar meškeriotojas gali žinoti skirtumą tarp menkės ir juodadėmės menkės, tačiau net virėjai gali aptikti tekstūros ir teksto skirtumus. Švelniai paspaudus menkė yra šiek tiek minkštesnė nei juodadėmė menkė, o tai rodo mėsos tekstūros skirtumą. Menkės mėsa yra drėgnesnė ir putlesnė, o juodadėmės menkės konsistencija gali būti dribsniai ir sausa. Menkės ir juodadėmės menkės skonis yra panašus, tačiau daugelis virėjų teigia, kad juodadėmės menkės skonis yra saldesnis.