Kai kurie metadono ir morfijaus skirtumai yra jų pusinės eliminacijos laikas, kaina ir panaudojimas. Metadonas ir morfinas labai skiriasi vien tik tuo, kiek laiko jie galioja, nes metadonas veikia mažiausiai dešimt kartų ilgiau nei morfinas. Sveikatos priežiūros specialistai kartais teikia pirmenybę metadonui dėl palyginti mažos jo kainos. Metadonas taip pat yra palankesnis tais atvejais, kai esamiems ar buvusiems narkomanams reikia vaistų nuo skausmo, nes pacientai ne taip greitai tampa nuo jų priklausomi.
Metadonas organizme išsilaiko daug ilgiau nei morfijus. Morfino pusinės eliminacijos laikas yra nuo dviejų iki trijų valandų, o metadono pusinės eliminacijos laikas yra 24 valandos ar ilgiau. Kai organizmas apdoroja šiuos vaistus, jie taip pat išsiskiria įvairiais būdais. Metadonas išsiskiria per paciento šlapimą, o morfijus pirmiausia patenka per inkstus ir tulžies latakus.
Kitas skirtumas tarp metadono ir morfijaus yra tas, kad metadonas apskritai yra daug pigesnis. Morfinas yra brangus gaminti ir turi būti naudojamas didesniais kiekiais nei metadonas. Kai kurie gydytojai dėl šios priežasties teikia pirmenybę metadonui, ypač kai susiduria su finansiškai nestabiliais pacientais. Tačiau vaistas susilaukė kritikos, nes kartais jis buvo skiriamas esant nedideliam skausmui. Metadonas neturėtų būti vartojamas nedideliam skausmui malšinti ir neturėtų būti naudojamas atsitiktinai, nes perdozavimas yra palyginti lengvas.
Metadonas ir morfinas naudojami įvairiose situacijose. Apskritai metadonas vartojamas tais atvejais, kai morfijus neveikė arba pacientas praeityje piktnaudžiavo narkotinėmis medžiagomis. Jei morfijus skiriamas pacientams, kurie kažkada piktnaudžiavo narkotinėmis medžiagomis, pacientas gali jausti panašų pakilimą ir atkrytį. Nors metadonas gali sukelti abstinencijos simptomus, jei vartojamas ilgą laiką, jis laikomas saugesniu nei morfijus.
Morfinas yra priklausomybę sukeliantis narkotikas, todėl daugelyje vietų jis yra kontroliuojama medžiaga. Kita vertus, nors metadonas gali atlikti kai kurias tas pačias funkcijas, jis nėra laikomas priklausomybę sukeliančiu. Abu vaistai dažnai yra griežtai kontroliuojami, reguliariai tikrinant ambulatorinius pacientus, siekiant įsitikinti, kad vaistai vartojami tinkamai.
Kita vertus, metadonas ir morfijus turi daug bendro. Jie abu vartojami vidutinio sunkumo ir stipriam skausmui malšinti, be to, abu yra skysti ir kapsulės. Abu vaistai nuo skausmo taip pat gali turėti gyvybei pavojingą šalutinį poveikį, pavyzdžiui, sulėtėjusį kvėpavimą ar stiprų galvos svaigimą. Pastebėjus sunkų šalutinį poveikį, asmuo turi kuo greičiau kreiptis į gydytoją. Nė vieno vaisto negalima vartoti kartu su alkoholiu, nes tai gali padidinti šalutinio poveikio, pvz., galvos svaigimo, tikimybę.