Biologinėje taksonomijoje – dar vadinamoje moksline arba biologine klasifikacija – monofilija reiškia, kad grupė apima tik rūšį ir visus jos protėvius, o polifilija reiškia, kad grupėje gali būti įvairių šeimų „greiferis“. Tai atitinkamai vadinamos monofilinėmis ir polifilinėmis grupėmis. Polifilinės grupės pavyzdys būtų „kirminai“ arba „šiltakraujai gyvūnai“, o monofilinė grupė būtų „žinduoliai“ arba „vėžiagyviai“.
Biologinės taksonomijos istorijoje buvo bandoma pašalinti polifilines grupes monofilinių naudai. Nuo 1970-ųjų tai padaryti daug lengviau taikant genetinius metodus, dar vadinamus filogenetine analize arba „molekuliniais tyrimais“, kurie tiria panašų DNR ilgį, kad nustatytų, kaip gyvūnai yra susiję vienas su kitu. Daugelis grupių, kurios atrodo paviršutiniškai panašios, praktikoje gali būti visiškai nesusijusios. Pavyzdžiui, Pygopodidae, bekojų driežų šeima, atrodo panašiai į gyvates, tačiau skiriasi nuo jų mirksinčiais akių vokais (kurių gyvatėms trūksta), išorinėmis ausų skylutėmis, plokščiais, nešakiais liežuviais ir vestigalinėmis galūnėmis. Mėgėjui pasakyti skirtumą gali būti šiek tiek sunku, tačiau profesionaliam biologui tai gali būti aišku.
Vienas iš labiausiai standartinių polifiletinės grupės pavyzdžių yra šiltakraujai gyvūnai, tarp kurių yra ir paukščiai, ir žinduoliai. Abi rūšys turi bendrą protėvį, gyvenusį paleozojaus laikais, labai seniai. Paukščiai, nors ir šiltakraujai, išsivystė iš šaltakraujų protėvių – dinozaurų, kurie vargu ar yra monofiliški su žinduoliais. Taigi paukščiai ir žinduoliai yra iš visiškai skirtingų grupių, tačiau abu patenka į bendrą šiltakraujų gyvūnų kategoriją.
Taksonomų tikslas yra specifinė biologinė taksonomija, tačiau ji dažnai prieštarauja įprastai išminčiai arba griežtumo trūkumui. Pavyzdžiui, paklausus: „Ar yra jūros vabzdžių? kai kurie gali atsakyti: „Na, žinoma, omarai yra tarsi vabzdžiai“. Nors atsitiktiniam stebėtojui šio atsakymo gali pasirodyti pakankamai, to pakanka, kad karjeros taksonomė praktiškai išspjautų kavą.
Vabzdžiai priklauso Insecta klasei, o omarai priklauso Crustacea pogrupiui, visiškai kitai grupei. Nors abu yra nariuotakojai ir tikriausiai yra giminingi, grupės yra gana skirtingos: viena iš jų daugiausia yra sausumos, o kita – vandens. Atsainiai vadinti juos monofiline grupe yra toks įprotis, su kuriuo taksonomistai kovoja, teikdami konkretesnius santykius tarp gyvūnų, o tai padeda mums geriau juos suprasti.