Civilinės sąjungos ir santuokos skirtumai yra daug. Pavyzdžiui, JAV santuoka suteikia poroms daugiau nei 1,000 teisių, apsaugos ir mokesčių lengvatų; tos pačios teisės paprastai nesuteikiamos civilinėje sąjungoje esantiems asmenims. Taip pat skiriasi tai, kaip teisiškai vertinamos šios dvi partnerystės; santuoką pripažįsta beveik kiekviena vyriausybė visame pasaulyje. Tačiau civilinę sąjungą pripažįsta tik tos vyriausybės, kurios leidžia tokią teisinio statuso formą. Civilinė sąjunga ir santuoka taip pat skiriasi tuo, kaip paprasta nutraukti ar nutraukti partnerystę.
Trys pagrindiniai skirtumai, kuriais skiriasi civilinė sąjunga ir santuoka, yra mokesčiai, teisinė apsauga ir sveikatos problemos. Pagal JAV mokesčių sistemą susituokusios poros gali pateikti prašymą kartu arba atskirai, taip įrodydamos, kad yra šeimos vienetas, o tai leidžia papildomai atskaityti, kredituoti ir dažnai sumažinti mokestinę prievolę. Nepaisant to, kad civilinėje sąjungoje esantys asmenys taip pat yra šeimos vienetas, jie negali gauti tų pačių išmokų ir dažnai sumoka daugiau mokesčių nei susituokusi pora, turinti panašius finansus.
Daugelyje šalių, kai vienas susituokusios poros narys pereina, bet koks turtas, paliktas maitintojo netekusiam sutuoktiniui, gali būti neapmokestinamas arba apmokestinamas sumažintu mokesčiu. Išgyvenęs partneris civilinėje sąjungoje daugeliu atvejų turės mokėti mokesčius už viską, kas liko. JAV civilinę sąjungą išgyvenęs partneris taip pat negali gauti mirusio partnerio socialinio draudimo išmokų, kurias gali turėti susituokusios poros. Nors santuoka dažnai suteikia kiekvienam sutuoktiniui garantiją, kad, turint tinkamą testamentą, visas santuokos turtas, pensijų fondai ir gyvybės draudimo polisai bus perduoti pergyvenusiam sutuoktiniui, civilinėje sąjungoje esantys asmenys yra pažeidžiami dėl ieškinių dėl to paties turto. iš kitų šeimos narių, net jei velionis turėjo testamentą.
Santuokoje, kai vienas iš sutuoktinių dirba pas darbdavį, kuris teikia sveikatos draudimą, jis dažnai gali įtraukti sutuoktinį prie draudimo poliso. Daugeliu atvejų ta pati lengvata netaikoma civilinės sąjungos partneriams. Dėl šio skirtumo tarp civilinės sąjungos ir santuokos gali būti nepaprastai sunku ir brangu civilinėje sąjungoje apsidrausti sveikatos draudimu, ypač tais atvejais, kai vienas partneris nusprendžia likti namuose su vaikais, todėl tas partneris negali gauti darbdavio apmokamo sveikatos draudimo. .
Beveik visos šalys pripažįsta kitų šalių santuokas, todėl daugelis vyriausybių leidžia piliečiams tuoktis kitoje šalyje nepildant jokių papildomų dokumentų, išskyrus santuokos liudijimo vertimą, jei taikoma. Civilinėje sąjungoje taip nėra. Kad civilinę sąjungą sudarančios poros ribotos teisės būtų pripažintos, jie gali gyventi tik teritorijoje, kurioje pripažįstamos civilinės sąjungos. Šių vietovių dažnai yra nedaug, todėl ribojamos darbo ir kelionių galimybės.
Kadangi civilinės sąjungos daugumoje sričių dar nepripažįstamos, jas nutraukti gali būti sunku. Nors santuoka gali būti nutraukta skyrybomis, nutraukimu arba anuliavimu, nesvarbu, kurioje jurisdikcijoje pora pretenduoja gyventi, civilinę sąjungą gali nutraukti tik ją pripažįstanti vyriausybė. Tai reiškia, kad civilinėje sąjungoje esančioms poroms, kurios vėliau persikėlė į vietovę, kuri nepripažįsta jos teisėta, dažnai gali tekti grįžti į vietovę, kurioje iš pradžių buvo įsteigta, kad galėtų pretenduoti į gyvenamąją vietą. Tai gali užtrukti nuo trijų mėnesių iki metų. Šie civilinės sąjungos ir santuokos skirtumai taip pat yra diskusijų apie tos pačios lyties asmenų santuokas priešakyje.