Nors „rootkit“ ir virusas yra kenkėjiškos programinės įrangos arba kenkėjiškų programų tipai, jie paprastai naudojami skirtingiems kompiuterinės atakos tikslams pasiekti. „Rootkit“ paprastai įdiegiamas kompiuterinėje sistemoje, kad neleistinas vartotojas galėtų toliau pasiekti tą sistemą arba paslėptų kitų tipų kenkėjiškų programų buvimą ir veiklą. Kita vertus, virusai yra kenkėjiškų programų tipai, kurie paprastai yra skirti atakuoti kompiuterinę sistemą labai specifiniu būdu ir pasiekti konkretų tikslą.
Nepaisant to, kad rootkit ir virusas yra kenkėjiškų programų formos, jie naudojami įvairioms užduotims atlikti. „Rootkit“ yra kenkėjiška programa, kurią galima įdiegti kompiuteryje įvairiais operacinės sistemos (OS) lygiais ir užmaskuoti kitą veiklą. Šio tipo programos paprastai užkrečia kompiuterio OS „šaknį“, taigi ir pavadinimą, leisdamos su ta sistema atlikti kitą veiklą, kuri vėliau yra paslėpta rootkit. „Rootkit“ dažnai naudojamas norint sukurti užpakalinių durų įėjimo į kompiuterinę sistemą tašką, kad neįgaliotas vartotojas galėtų pasiekti tą sistemą ateityje, arba gali būti naudojamas paslėpti viruso ar kitokio tipo kenkėjiškų programų infekciją.
Pagrindinis skirtumas tarp rootkit ir viruso yra tas, kad virusas paprastai neveikia, kad paslėptų kitų programų veiklą arba neleistų prieiti prie sistemos. Virusas paprastai kuriamas tam, kad pasiektų tam tikrą efektą, dažnai paleidžiant ataką prieš tam tikrą kompiuterinę sistemą. Nors virusas gali būti gana neaktyvus kompiuterinėje sistemoje ir likti paslėptas, kol tam tikras įvykis suaktyvins virusą, jis paprastai bus sukurtas siekiant pradėti labai specifinę ataką prieš sistemą, kurią jis užkrečia.
Taip pat yra keletas esminių skirtumų, kaip pašalinti rootkit ir virusus iš kompiuterio sistemos ar OS. Virusus dažnai galima rasti ir pašalinti naudojant antivirusinę programą, nors labai naujų virusų kurį laiką gali nepavykti aptikti. Tačiau „rootkit“ gali būti labai sunku rasti, paprastai tai apima labai sudėtingas saugos procedūras ir beveik neįmanoma pašalinti. Gali reikėti visiškai ištrinti kompiuterio standųjį diską ir iš naujo įdiegti OS, kad iš kompiuterio būtų pašalintas rootkit. Tačiau galiausiai ir rootkit, ir virusas gali labai sugadinti kompiuterį, todėl kiekvienas kompiuterio vartotojas turėtų pasistengti, kad išvengtų bet kokios rūšies kenkėjiškų programų.