Skirtumas tarp sintaksės ir morfologijos yra tas, kad sintaksė susijusi su sakinių struktūra, o morfologija – su žodžių struktūra. Bet kurioje kalboje egzistuoja taisyklės, kuriomis vadovaujamasi sujungiant žodžius. Tai yra sintaksės taisyklės. Morfologija yra tyrimas apie tai, kaip žodžiai formuojami ir suprantami kalboje. Tiek sintaksė, tiek morfologija yra susijusios su tuo, kaip kalba sukuriama prasmė.
Sintaksė yra sąvoka, valdanti sakinių struktūrą. Žodžių sujungimo tvarka turi įtakos viso sakinio reikšmei. Norint, kad sakinys būtų gramatiškai teisingas ir suprantamas kalbantiems, reikia laikytis sintaksės taisyklių. Tai lemia tokius dalykus kaip dalyko ir veiksmažodžio tvarka, būdvardžių ir prieveiksmių vartojimas.
Morfologija yra morfemų, kurios yra mažiausias kalbos reikšmės vienetas, tyrimas. Morfema gali būti vienas visas žodis arba priešdėlis ar priesaga, kuri suprantama kaip keičianti žodžio reikšmę ir todėl įgauna pačią reikšmę. Morfologija apima linksniavimo ir darybos sąvokas, kurios leidžia žodžius paversti daugiskaita arba pakeisti žodžio laiką. Morfologijos tyrimas bando suprasti, kaip žmonės vartoja ir supranta žodžių veikimo būdą, bandant suprasti skirtumą, kurį viena morfema daro daugeliui žodžių ir kaip žodžiai yra susiję vienas su kitu.
Sintaksė ir morfologija yra svarbios tam, kaip žmonės įgauna prasmę iš kalbos, tačiau jos skiriasi tuo, kad sintaksė nurodo žodžių tvarką ir vartojimą, o morfologija – žodžių dalis, kurios sukuria prasmę. Pavyzdžiui, galima sukurti sakinį, kuris būtų gramatiškai teisingas, tačiau kalbančiajam jis neturi prasmės. Tai įmanoma, nes sintaksė valdo tik sakinio tvarką, o ne tai, ką reiškia jame esantys žodžiai. Kita vertus, žodžių junginys gali turėti prasmę, kai vartojamas kartu, bet netenka reikšmės, kai pertvarkomas taip, kad pažeidžiamos sintaksės taisyklės. Sintaksė ir morfologija skiriasi, bet priklauso viena nuo kitos.