Ir šnipinėjimo programos, ir virusai kenkia kompiuterio programinei įrangai arba failams, vadinamiems kenkėjiškomis programomis, tačiau jie plinta skirtingai. Svarbus skirtumas tarp kompiuterinių šnipinėjimo programų ir virusų yra tas, kad šnipinėjimo programos įsiskverbia į kompiuterio veiklą, dažnai siųsdamos informaciją apie vartotoją trečiajai šaliai, o virusas – ne. Kitas esminis skirtumas yra tas, kad skirtingai nei šnipinėjimo programos, virusas dažnai daro savo kopijas ir bando naudoti vieną kompiuterį, kad virusas būtų paskleistas kitiems. Nors abu gali neigiamai paveikti kompiuterio veikimą, šnipinėjimo programos retai siekia pakenkti sistemai, o virusai dažnai padaro daug ilgalaikės žalos.
Šnipinėjimo programos ir virusai paprastai įkeliami į kompiuterį vartotojui to nežinant ir paleidžiami be vartotojo žinios ar sutikimo. Įprastas šnipinėjimo programų pristatymo būdas yra paketas su kitais failais arba programomis, kurias kompiuterio vartotojas pasirenka atsisiųsti. Šnipinėjimo programos patenka į vartotojo sistemą kartu su norima medžiaga. Tačiau virusai dažniausiai plinta kaip el. pašto priedai arba per momentines žinutes, nors jie taip pat gali būti paslėpti atsisiųstoje medžiagoje.
Nors jie abu gali pakenkti kompiuteriui, kitas skirtumas tarp šnipinėjimo programų ir viruso yra pagrindinė kenkėjiškos programos paskirtis. Šnipinėjimo programos yra skirtos įrašyti kompiuterio vartotojo veiklą ir perduoti šią informaciją trečiajai šaliai. Jis gali sekti asmens naudojimosi kompiuteriu įpročius ir perduoti informaciją reklamuotojams ir kitiems. Kitu, pavojingesniu būdu, galima pavogti privačią informaciją, pvz., el. pašto adresus, slaptažodžius, kredito kortelių numerius ir kitus svarbius asmeninius duomenis, ir perduoti juos įsilaužėliui ar tapatybės vagiui.
Pagrindinis viruso tikslas yra kopijuoti ir skleisti save. Jis dažnai kartojasi kelis kartus, taip išnaudodamas kompiuterio išteklius ir sukeldamas sistemos gedimą. Kita paplitusi virusų taktika – prieiti prie kompiuterio vartotojo el. pašto adresų knygos ir išsiųsti savo kopijas visais adresais. Jis taip pat gali bandyti naudoti kitus perdavimo būdus, kai vienas kompiuteris palaiko ryšį su kitu, pvz., failų bendrinimo paslaugos ir momentiniai pranešimai. Šnipinėjimo programos nedaro savęs kopijų ir neperduoda savęs kitiems kompiuteriams, naudojantiems užkrėstą sistemą.
Kitas skirtumas tarp šnipinėjimo programų ir viruso yra autoriaus ketinimas. Šnipinėjimo programų autorius paprastai nori rinkti informaciją, kuri bus naudojama įvairiems tikslams. Norėdami tai padaryti, šnipinėjimo programoms reikalinga operacinė sistema, todėl ji retai kenkia kompiuteriui, nors naudoja kompiuterio išteklius ir gali sulėtinti jo veikimą. Virusai dažnai rašomi turint destruktyvesnių ketinimų, todėl kompiuterių sistemos ir tinklai dažnai tampa netinkami naudoti. Išplitę patys, virusai dažnai daro ilgalaikę žalą operacinei sistemai ir aparatūrai.