Vyrų ir moterų reprodukcinės sistemos išsivystė skirtingoms specialybėms, bet tam pačiam tikslui: gimdyti vaikus. Visa moters reprodukcinė sistema yra kūno viduje, o didžioji vyro dalis yra už kūno ribų. Funkcinis skirtumas tarp šių dviejų sistemų yra tas, kad moters sistema skirta maitinti kūdikį, kol jis pakankamai auga, kad išgyventų pasaulyje, o vyro – spermos pristatymo sistema. Skiriasi ir atskiri sistemų komponentai.
Moterų reprodukcinė sistema yra visiškai vidinė, su išėjimo ir įėjimo taškais makštyje. Vienas ryškiausių skirtumų tarp vyrų ir moterų – vyriški lytiniai organai kūno išorėje. Žemesnė išorinės aplinkos temperatūra padeda išlaikyti sveiką spermą ir užkirsti kelią kūno viduje esančios šilumos sukeliamai žalai.
Moteris turi atskiras angas šlapimui ir menstruacijoms bei lytiniams santykiams, o vyras turi tik vieną angą šlapimui ir spermai išleisti. Nors lytinių santykių metu išorinės makšties dalys yra linkusios prisipildyti kraujo, vyro varpos padidėjimas yra daug akivaizdesnis. Tai leidžia jam naudoti savo varpą dėl funkcinių priežasčių ir įkišti jį į makštį.
Tiek vyrų, tiek moterų reprodukcinės sistemos gamina hormonus, tačiau hormonai skiriasi. Pavyzdžiui, moterys gamina daugiau moteriškų hormonų, tokių kaip estrogenai, o vyrai turi daugiau testosterono. Šie hormonai daro platų poveikį kūnui, pavyzdžiui, antrinių seksualinių savybių, tokių kaip krūtys ar platūs pečiai, vystymąsi. Abi reprodukcinės sistemos pradeda gaminti vis daugiau hormonų brendimo metu.
Moterų kiaušialąstės gimimo metu jau laikomos kiaušidėse, o kiaušinėliai išleidžiami kiekvieną mėnesį. Kita vertus, vyrai reguliariai gamina naują spermą. Moterų reprodukcinei sistemai reikia kas mėnesį atnaujinti gimdos gleivinę, o vyrų sistemai nereikia reguliariai prižiūrėti taip pat.
Struktūriškai moters reprodukcinė sistema yra negimusio kūdikio laikymo ir auklėjimo sritis. Be to, tai erdvė, kurioje moters kiaušialąstės gali susimaišyti su vyriškos lyties spermatozoidu, kad susidarytų naujas žmogus, o tai leidžia moteriai dalį savo genų perduoti kitai kartai, o vyrui – tą patį. Vyrų reprodukcinėje sistemoje nėra jokios biologinės įrangos, kuri galėtų palaikyti naujagimį. Vietoj to, tai yra spermos gamybos ir pristatymo sistema.