Skeleto sistema yra kūno atrama. Jis apsaugo organus ir užtikrina raiščių, sausgyslių ir raumenų tvirtinimą, leidžiantį judėti. Nors tiek vyrų, tiek moterų skeleto sistemose yra vienodas kaulų skaičius, tarp jų yra skirtumų. Vyrų ir moterų skeleto sistemų skirtumai yra struktūriniai ir apima tokias sritis kaip dubuo, kaukolė ir galūnės. Kaulų masė ir išsivystymas yra dvi papildomos skeleto sistemų skirtumų sritys.
Viena iš vyrų ir moterų skeleto sistemų skirtumų sričių yra dubuo. Moters dubens kaulas ir dubens sritis yra kitokios formos nei vyrų, nes patelės dubens sritis yra sukurta taip, kad būtų galima gimdyti. Moterų dubens sritys yra labiau apskritos, o dubens kaulas yra mažesnis ir platesnis. Vyrų dubens ertmės, priešingai, nėra tokios seklios.
Struktūriniai skirtumai tarp vyrų ir moterų skeleto sistemų taip pat akivaizdūs kaukolėje. Nedidelė išsikišusi dalis, esanti užpakalinėje kaukolės dalyje, vadinama išoriniu pakaušio išsikišimu, yra labiau matoma vyriškoje kaukolėje nei moteriškoje. Moterų kaukolės žandikaulio kaulai taip pat yra labiau suapvalinti, o vyrų – kvadratiniai. Moterų kaukolės antakiai nėra tokie ryškūs kaip vyrų kaukolės. Šie aspektai sukuria skiriamuosius bruožus, kurie sukuria vizualinius vyrų ir moterų veido struktūrų skirtumus.
Kaulai, sudarantys skeleto galūnes, taip pat rodo skirtumus tarp vyrų ir moterų skeleto sistemų. Alkūnkaulis, stipinkaulis ir žastikaulis yra trys kaulai, sudarantys rankas, o šeivikaulis, blauzdikaulis ir šlaunikaulis yra kojų kaulai. Vyrams šie kaulai paprastai yra ilgesni ir storesni nei moterų. Pirštų kaulai, vadinami pirštakauliais, taip pat paprastai yra didesni vyrų nei moterų. Tačiau kai kurių vyrų kaulai yra trumpesni nei moterų.
Bendra masė prisideda prie skirtumo tarp vyrų ir moterų skeleto sistemų. Vyrų skeletai dažnai būna sunkesni ir daug didesni. Nors skeleto masė gali būti bendras atskaitos taškas, jos negalima naudoti atskirai. Kai kurie vyrai yra mažesni nei vidutiniai ir turės mažesnius skeletus. Be to, kai kurios moterys turi didesnius nei vidutinius skeletus. Norint nustatyti, ar skeletas yra vyriškas ar moteriškas, reikia atsižvelgti į kitus pagrindinius skirtumus, taip pat genetiką ir etninę kilmę.
Vyrų ir moterų skeleto sistemų skirtumams taip pat turi įtakos kaulų vystymasis. Hormonai vaidina svarbų vaidmenį kaulų augime. Vyrams testosteronas yra hormonas, turintis įtakos kaulų augimui ir formai, o moteriškas hormonas, turintis įtakos kaulų vystymuisi, vadinamas estrogenu. Lytinio brendimo metu moterų estrogeno lygis yra daug didesnis, o vyrų – testosterono, todėl moterų kaulai nustoja vystytis iki 18 metų, o vyrų augimas sustoja iki 21 metų.