Didžioji dalis vandenyno yra visiškai tamsu. Tai vadinama afotine zona, kuri prasideda maždaug 3,000 0.9 pėdų (18,000 km) gylyje ir tęsiasi iki dugno, kuris paprastai pasiekia maksimalų maždaug 5.5 6.8 pėdų (11 km) gylį, išskyrus vandenyno griovius, kurie gali būti net XNUMX km gylyje. Šioje zonoje negali vykti fotosintezė, todėl nėra įprastų maisto tinklų, augalų ir cianobakterijų pagrindo. Vietoj to, gyvūnai turi gyventi iš skerdenų, kurios krenta iš viršaus, kiti gyvūnai ir retais atvejais bakterijos, kurios naudoja cheminius energijos šaltinius, tokius kaip sulfidai ir metanas. Kai kurie gyvūnai, gyvenantys afotinėje zonoje, yra ungurys, milžiniški kalmarai, mažesni kalmarai, jūrų velniai, vampyriniai kalmarai ir daugybė medūzų.
Afotinė zona yra padalinta į du lygius: batipelaginę zoną ir bedugnę zoną. Batipelaginė zona tęsiasi nuo maždaug 3,300 1 pėdų (13,000 km) žemiau paviršiaus iki 4 400 pėdų (XNUMX km) žemiau. Po ja yra bedugnė zona, dar vadinama bedugnės zona, kurioje slėgis yra itin didelis (XNUMX atmosferų ir daugiau), o biologinė įvairovė smarkiai mažėja. Po ja yra hadopelaginė zona, kuri naudojama vandenyno grioviams apibūdinti.
Šiose vandenyno dalyse aptinkamos kai kurios iš bjauriausių ir blogiausiai atrodančių žuvų pasaulyje, įskaitant angį, dantuką, drakoną, driežą žuvį ir daugelį kitų. Šios žuvys dažnai turi šarnyrinius žandikaulius, juodus žvynus, skvarbias akis ir itin aštrius dantis. Daugelis žmonių nenorėtų su jais susidurti tamsioje užtvindytoje alėjoje. Kai kurie iš jų pavadinti dėl paviršutiniško panašumo į roplius.
Daugelis afotinėje zonoje esančių gyvūnų yra bioliuminescenciniai, tai reiškia, kad jie vienaip ar kitaip gali gaminti savo šviesą. Tai gali būti naudojama tiek navigacijai, tiek mažiems gyvūnams įvilioti į nasrus. Žuvis meškeriotojas yra bene žinomiausias pavyzdys, nes jai prieš burną iš specialaus priedo ant galvos išsikiša masalas.
Kitos žuvys atrodo ne tiek blogai, kiek panašios į dėmes. Šios dugninės šėryklos apima taikliai pavadintas dygliažuves ir karstines žuvis, kurios vaikšto jūros dugnu naudodamos į kojas panašius pelekus. Apačioje taip pat galima rasti jūrinių agurkų ir milžiniškų lygiakojų, pėdų ilgio medžio utėlių giminaičių. Giliavandenėje jūroje taip pat yra daug neįprastų ir retų ryklių, tokių kaip Megamouth Shark, paskelbtas vienu įspūdingiausių praėjusio amžiaus jūrų gyvūnų atradimų.