Specialiojo ugdymo programinė įranga gali išmokyti vaikus įgūdžių arba padėti tvarkyti jų išsilavinimo duomenis mokyklose, kuriose vykdomos specialiojo ugdymo programos. Yra įvairių programų, padedančių vaikams lavinti skaitymo, kalbėjimo ir rašymo įgūdžius. Taip pat yra programų, kurios padeda vaikams tobulinti matematikos įgūdžius. Šios programos apima žaidimus ir galimybes vaikams praktikuoti įgūdžius, kurių jiems prireiks tiek gyvenime, tiek mokykloje.
Matematikos įgūdžių programinė įranga gali išmokyti vaikus per žaidimus ar muziką. Specialiųjų poreikių mokiniai gali išmokti skaičiuoti ir išmokti pagrindinių matematikos įgūdžių naudodamiesi interaktyviomis programomis, kurios leidžia manipuliuoti kompiuteryje esančiais objektais. Daugybos, sudėties ir atimties pamokos yra būdingos matematikos įgūdžių programinei įrangai. Be to, vaikai gali praktikuoti tai, ko išmoko, naudodami darbo knygeles, kurios pridedamos prie programinės įrangos.
Klaviatūros programinė įranga padeda vaikams su fizine negalia rašyti kompiuteriu. Ši programinė įranga gali padėti vaikams, sergantiems disleksija, dėmesio stokos sutrikimu ir autizmu, išmokti vesti tekstą. Atsižvelgiant į vaiko negalią, programa gali išmokyti spausdinti trumpais pratimais, suteikiant vaikui galimybę praktikuoti tai, ko išmoko. Vaikai, sergantys disleksija, gali naudoti programinę įrangą, kuri padėtų jiems praktikuoti spausdinimą neperkeliant raidžių. Programinė įranga taip pat gali būti veiksminga padedant vaikams, kuriems paprastai sunku teisingai rašyti.
Specialioji kalbos meno įgūdžių ugdymo programinė įranga gali naudoti muzikos ir kalbėjimo pratimus, kad padėtų vaikams lavinti ir tobulinti skaitymo supratimo įgūdžius, tarimą ir gramatiką. Kai kurios programos naudoja paveikslėlius ir garsą, todėl išgirdusios raginimą jos turi atpažinti paveikslėlius ir ištarti žodžius. Kalbos meno programinė įranga gali išmokyti vaikus, turinčius negalią, teisingai vartoti žodžius visuose sakiniuose. Kai kuriose kalbos meno programose mokoma naudojant interaktyvius žaidimus, kuriuose vaikai pelno taškus pateikdami teisingus atsakymus. Vyresni vaikai gali išmokti rašyti esė naudodami programinę įrangą, kuri padėtų jiems tyrinėti, tvarkyti, rašyti ir redaguoti.
Mokytojai, dirbantys klasėse, kuriose yra mokinių su negalia, gali naudoti specialiojo ugdymo programinę įrangą, kad galėtų sekti tikslų pasiekimą ir kiekvienam vaikui reikalingus pritaikymus bei pakeitimus. Programinė įranga dažnai naudojama specialiojo ugdymo programų mokinių individualiam ugdymo planui (IPP) sudaryti. Papildomi specialiojo ugdymo programinės įrangos paketai gali padėti vaikams, turintiems elgesio ar socialinių problemų.
Programinėje įrangoje dažnai yra mokymo programų, kuriose pagrindinis dėmesys skiriamas problemų sprendimo įgūdžių ugdymui. Kai kurios programinės įrangos sistemos reikalauja, kad vaikai žiūrėtų daugialypės terpės istorijų pristatymus ir atsakytų į su jais susijusius klausimus. Vaikai mokosi, kaip pagerinti savo sprendimų priėmimo procesus. Funkciniai įgūdžiai, tokie kaip pagalbos prašymas, skundo išreiškimas ar kolegų spaudimo valdymas, yra kai kurie įgūdžiai, sprendžiami funkcinių įgūdžių programinės įrangos programose.