Kas yra sutarimo seka biologijoje?

Konsensuso seka yra baltymų arba nukleotidų rinkinys dezoksiribonukleino rūgštyje (DNR), kuris pasirodo reguliariai. DNR sudaro nukleotidai, o kiekvienas nukleotidas yra sudarytas iš fosfato, cukraus ir azoto bazės. Azoto bazės gali būti adeninas (A), timinas (T), guaninas (G) ir citozinas (C). Šių cheminių bazių seka lemia genetinį organizmo kodą. Genetinis kodas yra tarsi instrukcija, kuria remiantis kuriamas ir palaikomas organizmas. Molekuliniai biologai dažnai naudoja statistiką, norėdami numatyti sekų vietą arba suprasti, kur tam tikros molekulės linkusios jungtis. Formulės gali būti naudojamos vietoms, kuriose aminorūgščių sekos išlieka tos pačios, ir vietoms, kuriose jos skiriasi, pavaizduoti. Pavyzdžiui, konsensuso promotoriaus sekos atveju tam tikro tipo fermentas gali prisijungti prie panašios sekos baltymų vietų.

Genetikai, kaip ir daugelio mokslo sričių tyrinėtojai, dažnai naudoja pakaitalus, kad supaprastintų sudėtingas sistemas. Organizme yra tiek daug aminorūgščių bazių ir genų, kad mokslininkai negali jų suskaičiuoti, nebent yra tam tikra bendra sistema. Konsensuso seka gali atsirasti daugelyje DNR vietų, taip pat įvairiose gyvose būtybėse. Panašumus ir skirtumus, kurie linkę atsirasti, galima nurodyti formule.

Statistiškai mokslininkai gali klasifikuoti genetines sekas, kad ieškotų modelių. Pasikartojantys modeliai, vadinami sekos motyvais, paprastai naudojami genetinėms sritims, kontroliuojančioms specifinius biologinius procesus, atstovauti. Konsensuso sekos taip pat gali suteikti informacijos apie tai, kaip sintetinami baltymai arba kaip molekulės valdomos ląstelėje.

Konsensuso sekos žymėjime kai kurių nukleotidų vieta gali parodyti, kad jie visada yra atstovaujamoje vietoje. Taip pat galima nurodyti, kad ten gali būti vienas ar kitas nukleotidas. Šiuo atveju, kaip dažnai aminorūgštis atsiranda vietoje kitos, paprastai nenurodoma. Šiam dažniui nurodyti kartais naudojamas grafinis modelis, didinant arba sumažinant simbolių dydį. Kai kurios programinės įrangos programos gali automatiškai generuoti sekos logotipus.

Dažnai konsensuso seka sutampa su pripažinta baltymų surišimo vieta. Norint tiksliai pavaizduoti genomo sekas, dažnai naudojamos matematinės formulės. Tai apima statistines formules, pvz., logaritmus ir skaitines reikšmes, kurios gali būti teigiamos arba neigiamos, nurodančios genetinės informacijos vietą. Taip galima analizuoti procesus genome normalioms biologinėms funkcijoms, taip pat susijusius su ligomis.

Matematiniai konsensuso sekos atvaizdai paprastai pateikia DNR ir aminorūgščių modelių modelį. Tikslus vaizdas paprastai nepateikiamas. Tačiau sekos gali padėti mokslininkams susieti skirtingų genomo dalių funkcinius aspektus su organizmų evoliuciniais modeliais.