Geriausios mikroskopo paslaugos pasirinkimas priklauso nuo konkrečių kliento poreikių. Mikroskopijos paslaugos gali būti specializuotos įvairiose srityse, įskaitant biologinius tyrimus, vartotojų produktų vertinimą ir teismo ekspertizę. Pramonės įmonės gali turėti mikroskopijos įrangą, tačiau reikalauja mokymų, kaip naudoti įrangą arba ruošti mėginius. Laboratorijos ir nepriklausomos įmonės siūlo mokymo kursus ir mokymo medžiagą, kad patenkintų šiuos poreikius, o kitos mikroskopo tarnybos parduoda įrangą, priedus ir mikroskopo remonto paslaugas.
Naudojant didelės skiriamosios gebos elektroninius mikroskopus, biologinio mikroskopo paslauga gali aptikti bakterijas, virusus ar kitus mikrobus, kurie nematomi plika akimi. Šiose laboratorijose teikiamos paslaugos dažnai apima įtariamų organizmų aptikimą mėginyje arba naujų mikrobų padermių identifikavimą. Paslaugos paprastai apima mikrografijas arba mikroskopinių organizmų nuotraukas ir rašytines ataskaitas, kuriose gali būti stebėjimo užrašų. Šios paslaugos paprastai trunka nuo dviejų iki keturių savaičių, o mokesčiai skiriasi priklausomai nuo mėginių skaičiaus ir būtino tyrimo tipo.
Pramoninio mikroskopo paslauga gali būti teikiama įmonėms, gaminančioms namų apyvokos ar asmens priežiūros produktus. Naudodamos optinius mikroskopus, šios laboratorijos paprastai mikroskopiškai analizuoja produktų pavyzdžius, kad būtų įrodytas jų veiksmingumas. Technikai gali stebėti plaukų mėginius prieš ir po rezultatų arba įvertinti odos mėginius dėl skirtingų produktų sukeltų reakcijų. Optinės mikroskopinės paslaugos taip pat gali apimti pluoštų, pluoštinių ar poringų medžiagų ir polimerų, kurie naudojami kaip pramonės gaminių sudedamosios dalys, identifikavimą.
Kai kurios mikroskopų paslaugų laboratorijos siūlo skaitmeninę ir šviesos mikroskopiją arba elektroninę mikroskopiją, skirtą medžiagų analizei ir identifikavimui įvairioms problemoms, pradedant automobilių pramone ir baigiant vandens kokybės inžinerija. Taip pat teikiamos mikroskopinės kriminalinės ekspertizės paslaugos. Laboratorijos gali nustatyti cheminių medžiagų likučius, likusius po gaisro ar sprogimo, o technikai gali atlikti cheminę ir kryžminę plaukų ir pluoštų analizę iš smurtinių nusikaltimų vietų. Teismo medicinos specialistai taip pat gali nustatyti dirvožemio pavyzdžius ir pritaikyti medžiagas konkrečioms geologinėms vietoms.
Kai kurios laboratorijos siūlo asmeninius ir internetinius elektroninių mikroskopinės įrangos naudojimo ir mėginių fiksavimo bei paruošimo metodų mokymo kursus. Šiuose kursuose nagrinėjamos temos apima metodus, reikalingus mėginių dehidratacijai ir kriofiksacijai. Instrukcija taip pat gali apimti bandinių paruošimo plono gabalo arba skerspjūvio peržiūrai metodą, pirmiausia įterpiant mėginius į dervą.
Kai įmonės svarsto galimybę įsigyti mikroskopo įrangą, kai kurios mikroskopo paslaugos teikia informaciją ir pasiūlymus dėl mikroskopo įrangos, kuri gali atitikti įmonės poreikius. Šios įmonės paprastai parduoda priedus, įskaitant šviesos šaltinius ir skaitmeninę programinę įrangą, praplečiančią žiūrėjimo būdus. Mikroskopų pardavėjai dažnai pateikia instrukcijas, kaip nustatyti ir naudoti tam tikrų tipų įrangą.