Mikrotomas yra prietaisas, naudojamas itin plonoms medžiagos gabalėliams supjaustyti į pavyzdžius, vadinamus sekcijomis. Paprastai tai atliekama ruošiant daiktus mikroskopiniam tyrimui. Galimi įvairūs mikrotomai, naudojant skirtingus pjovimo komponentus. Tai turi atitikti ruošiamos medžiagos fizines savybes ir naudojamo mikroskopo tipą. Mikroskopinis biologinių pjūvių tyrimas vadinamas histologija.
Rogučių mikrotome medžiaga, kurią reikia pjaustyti, laikoma slankiojančiame šaudyklėje, kuri juda peilio paviršiumi. Norint paruošti medžiagą pjaustymui, parafino vaško arba epoksidinės dervos infuzija sukietina mėginį į kietą medžiagą. Tada mėginys įdedamas į mikrotomo šaudyklą. Priklausomai nuo mėginio konsistencijos ir reikalingo pjūvio storio, naudojamos kelios skirtingos ašmenų konstrukcijos. Ašmenys gali būti metaliniai, stikliniai arba deimantiniai.
Pjovimo ašmenys arba peilis sukamajame mikrotome taip pat yra fiksuotoje padėtyje mėginio atžvilgiu. Sukamasis smagračio judesys paverčiamas horizontaliu mėginio judesiu per peilį. Paprastai mėginys nuleidžiamas į padėtį rankiniu būdu, naudojant valdymo ratuką. Ši funkcija buvo automatizuota naujausiuose sukamuosiuose projektuose, todėl galima tiksliau atskirti.
Sukamasis mikrotomas paprastai naudojamas, kai būtinos kriogeninės sąlygos. Sekcija atliekama skysto azoto kameroje, leidžianti mėginiui sukietėti į stiklinę būseną. Sukamoji konstrukcija taip pat naudojama ultramikrotominiam mėginių ėmimui, kai reikia itin plonų dalių. Norint užtikrinti pjūvių elektroninei mikroskopijai paruošimo tikslumą, reikalingi labai tikslūs gamybos nuokrypiai. Pjovimo peiliai dažniausiai gaminami iš brangakmenių kokybiškų deimantų.
Skirtingai nuo mechaninių mikrotomų, kurie fiziškai liečiasi su mėginiu, lazeriniams mikrotomams mėginio paruošti nereikia. Pjovimo įrenginys yra impulsinis infraraudonųjų spindulių lazeris. Tai leidžia labai tiksliai kontroliuoti mėginių ėmimą ir vienodai taikoma minkštiesiems audiniams, taip pat kietoms medžiagoms, tokioms kaip kaulai. Fizinio kontakto su mėginio medžiaga pašalinimas pašalina didelę užteršimo galimybę.
Ne tokie griežti mokiniai ar mėgėjai gali naudoti rankinį mikrotomą. Šie prietaisai leidžia paimti audinių pjūvius stiklelių paruošimui, tačiau daug mažesniu tikslumu nei laboratoriniai instrumentai. Mėginio medžiagą tvirtai laiko prietaisas ir tiksliais žingsniais perkeliama į pjovimo padėtį. Tada dalis paimama rankiniu būdu skutimosi peiliuku.