Mikrofotografija yra padidinto objekto nuotrauka, daryta per mikroskopą. Nuo pirmųjų fotografijos dienų žmonės įvairiais laipsniais sėkmingai bandė sukurti daiktų, kuriuos žiūri per mikroskopus, fotografinius vaizdus. Norint gauti geros kokybės vaizdą, darant mikrofotografiją reikia įveikti daugybę iššūkių.
Vienas iš būdų fotografuoti mikrografiją apima fotoaparato pritvirtinimą prie mikroskopo okuliaro. Mėginys montuojamas į mikroskopą, mikroskopas sureguliuojamas ir sufokusuojamas, tada sufokusuojamas fotoaparatas ir daroma nuotrauka. Kitas metodas apima specializuoto mikroskopo su įmontuota kamera, kuria galima fotografuoti objektų, esančių mikroskopo scenoje, nejudančius arba vaizdo įrašus, naudojimą.
Norint gauti gerą mikrofotografiją, reikia labai tikslaus fokusavimo ir fotoaparato objektyvo, galinčio sufokusuoti mikroskopu matomomis sąlygomis. Šviesa taip pat dažniausiai yra kritinė problema, nes reikia pakankamai šviesos, kad vaizdas būtų aiškus, neišplaunant objekto ant mikroskopo scenos ir nepažeidžiant jo šviesa. Procesas gali tapti dar sudėtingesnis, kai kam nors reikia nufotografuoti kažką, pavyzdžiui, pavyzdį, kurį reikia apžiūrėti juodoje šviesoje, kad būtų paryškinta dėme ar kita ypatybė.
Be fotografavimo įprastu mikroskopu, nuotraukas galima daryti ir elektroniniu mikroskopu. Elektroninės mikrofotografijos gali būti labai išsamios ir turtingos, o jos rodo didelį padidinimo lygį ir atskleidžia struktūras, kurios gali būti sunkiai matomos įprastu mikroskopu. Elektroninio mikroskopo skiriamoji geba yra daug didesnė nei įprasto šviesos mikroskopo, ir tai galima aiškiai iliustruoti žiūrint į to paties objekto fotomikrografijas, peržiūrėtas šviesos mikroskopu, o vėliau ir elektroniniu mikroskopu.
Daugelis žmonių yra matę mikrofotografijas, net jei to nežino. Biologijos vadovėliuose paprastai pateikiama daug pavyzdžių, o vaizdų paieška bet kurioje paieškos sistemoje „fotomikrografas“ gali rasti gražių, persekiojančių ir stulbinančių vaizdų. Mikroskopu toks įprastas objektas kaip žiedadulkės gali tapti nepaprastu.
Mikrofotografijos ne tik naudojamos iliustruoti mokslo vadovėlius ir paskatinti žmones susižavėti mokslu, bet ir naudojamos patologijoje, kuriant ląstelių vaizdus papildomai nuorodai, ir tokiose srityse kaip teismo mokslas ir bendroji biologija, be kitų vietų. Mikrofotografijos dažniausiai pridedamos prie mokslinių publikacijų, kuriose gali būti nuo naujo viruso atradimo iki augalų ląstelių vidinio veikimo tyrimų.