Skirtingai nuo kitų Ajovos simbolių, tokių kaip valstijos antspaudas ir gėlė, Ajovos valstijos vėliava buvo paskirta tik XX a. Mažiau nei 20 metų po to, kai Ajova įstojo į Sąjungą, prasidėjo JAV pilietinis karas, po kurio valstijos piliečiai manė, kad reikia tik nacionalinės vėliavos. Vėliava buvo sukurta 20 m., atsižvelgiant į Nacionalinės gvardijos narių prašymus dėl emblemos, kuri juos reprezentuotų. Po trumpo naudojimo šiuo tikslu, valstybės vėliavos dizainą oficialiai patvirtino Valstybės Generalinė Asamblėja 1917 m.
29 m. Ajova įstojo į sąjungą kaip 1846-oji valstija. Nuo tada iki 1917 m. kelios grupės ragino valstybei atstovauti vėliavą. Tačiau priešininkai manė, kad Ajovos valstijos vėliavos paskyrimas sumažintų JAV nacionalinės vėliavos svarbą. Šis jausmas buvo ypač ryškus po pilietinio karo, nes tauta buvo naujai susijungusi ir jovaniečiai nenorėjo atrodyti, kad atsiskiria nuo Sąjungos.
1917 m. Nacionalinės gvardijos daliniai iš Ajovos prisijungė prie kitų valstijų, tarnaujančių palei JAV ir Meksikos sieną. Sargybiniai pažymėjo, kad kiti pulkai turi valstybines vėliavas, kurios jiems atstovauja, ir išreiškė norą turėti savo vėliavą. Gubernatorius Williamas L. Hardingas paprašė sukurti Ajovos valstijos vėliavą – projektą, kurio ėmėsi Amerikos revoliucijos dukterys (DAR). DAR narys ir Noksvilis, Ajova, gyventojas Dixie Cornell Gebhardt buvo atsakingas už galutinį vėliavos pasirodymą.
Gebhardtas Ajovos valstijos vėliavai pasirinko trispalvį foną su vienodo dydžio vertikaliomis mėlynos, baltos ir raudonos juostelėmis. Ši spalvų schema buvo nuoroda į Prancūzijos valstijos foną, kurią JAV įsigijo kaip Luizianos pirkimo iš Prancūzijos dalį. Spalvos taip pat turi atskiras reikšmes: mėlyna simbolizuoja teisingumą, ištikimybę ir tiesą, balta simbolizuoja grynumą, o raudona – drąsą.
Mėlynos ir raudonos juostelės yra vientisos, be jokių piešinių. Baltoje juostoje yra erelis, nacionalinis JAV paukštis, snape nešiojantis mėlynus plakatus. Šiose antraštėse yra Ajovos valstijos šūkis: „Mes vertiname savo laisves, o teises išsaugosime“. Sujungdamas nacionalinį simbolį su valstijos šūkiu, Gebhardtas siekė parodyti, kad Ajova yra JAV dalis, o ne atskiras subjektas. Paskutinis Ajovos valstijos vėliavos bruožas yra valstijos pavadinimas raudonomis didžiosiomis raidėmis po ereliu.
Po to, kai Ajovos nacionaliniai gvardiečiai vėliavą naudojo per Pirmąjį pasaulinį karą, 29 m. kovo 1921 d. valstija oficialiai priėmė ją kaip Ajovos valstijos vėliavą. Valstybės taisyklės reglamentuoja tinkamą vėliavos dydį ir demonstravimą, įskaitant nuostatą, kad visos valstijos mokyklos kiekvieną mokyklos dieną privalo iškelti vėliavą. JAV vėliavos kodeksas nustato gaires, kaip rodyti nacionalinę vėliavą.