Bakterijų klasifikavimas – tai bakterijų tipų atskyrimas ir grupavimas pagal bendras savybes. Toks klasifikavimas atliekamas pagal tarptautiniu mastu pripažintą biologinės taksonomijos sistemą arba mokslą apie organizmų klasifikavimą. Klasifikuojant bakterijas atsižvelgiama į daugybę dalykų, ypač į RNR sekas, bet įskaitant formą, biochemiją ir išorinės membranos savybes.
Nors yra skirtingų požiūrių į tai, kaip reikėtų klasifikuoti organizmus, dabartinė vyraujanti sistema visą gyvybę skirsto į tris sritis. Bakterijos sudaro vieną iš šių sričių. Jie pasižymi itin didele įvairove ir pagal skaičių sudaro didžiąją žinomų rūšių daugumą, o pagal masę viršija visus daugialąsčius organizmus žemėje. Bakterijų klasifikavimas gali būti sudėtingas dėl daugelio veiksnių, ypač dėl sudėtingų struktūrų, esančių labiau išsivysčiusiuose organizmuose, nebuvimo, taip pat dėl bakterijų tendencijos perkelti DNR segmentus.
Bakteriologai naudoja daugybę bakterijų klasifikavimo metodų. Forma yra paprasčiausias būdas atskirti bakterijas, be to, šie organizmai gali turėti įvairių formų, įskaitant lazdeles, spirales ir rutulius. Tačiau forma nebūtinai yra išskirtinė savybė, o bakterijos, sugrupuotos į labai skirtingas klasifikacijas, gali turėti panašias formas.
Kitos morfologinės savybės, pvz., dydis, gali labai skirtis priklausomai nuo rūšies, o tipinės grupės taip pat gali padėti klasifikuoti. Daugelis rūšių yra linkusios sudaryti atskirų ląstelių grupes, kurių skaičius gali labai skirtis. Išorinių struktūrų, tokių kaip mažytės į čiuptuvus panašios konstrukcijos, vadinamos žvyneliais, buvimas taip pat gali padėti atskirti bakterijų rūšis.
Kitas svarbus bakterijų klasifikavimo įrankis yra testas, žinomas kaip gramų dėmių testas, pavadintas XIX amžiaus mikrobiologo vardu. Šis testas nustato bakterijų kiekį pagal jų išorinės membranos storį. Gramneigiamos bakterijos turi labai ploną membraną, o gramteigiamos bakterijos – storesnę.
Tokie veiksniai kaip metabolizmas ir kiti biocheminiai skirtumai yra dar viena bakterijų klasifikavimo priemonė. Bakterijos metabolizuoja daugybę skirtingų junginių, o konkretus junginys ar junginiai, kuriuos naudoja arba konvertuoja konkrečios bakterijos, gali padėti identifikuoti ir klasifikuoti. Šiam procesui gali padėti ir kitų biocheminių duomenų analizė.
Molekulinės analizės metodų pažanga leido bakteriologams diferencijuoti bakterijas pagal RNR skirtumus, taip pat specifines genų sekas. Tolesnė atskirų RNR ir DNR baltymų bendro kiekio ir jų santykio analizė yra dar viena klasifikavimo priemonė. Naudodami kai kuriuos arba visus šiuos metodus ir stebimas charakteristikas, bakteriologai gali suskirstyti bakterijas pagal rūšis ir sugrupuoti panašias rūšis.