Trijų domenų sistema yra ląstelių gyvybės klasifikavimo metodas, kurį iš pradžių pasiūlė Carlas Woese’as 1990 m. Nors trijų domenų sistema sulaukė tam tikro prieštaravimo, nuo tada ji tapo plačiai priimta dėl mokslinių atradimų, kurie patvirtino Woese pasiūlymą. . Pagal trijų domenų sistemą visa ląstelinė gyvybė gali būti suskirstyta į tris sritis: Archaea, Bakterijos ir Eukariotos, o kiekviena sritis gali būti toliau suskirstyta į karalystes, phyla, klases ir pan.
Pagal šią klasifikavimo sistemą išskiriami eukariotiniai organizmai, organizmai, kurių ląstelės turi branduolį, ir dviejų tipų prokariotiniai organizmai, organizmai su ląstelėmis, kuriose nėra branduolio. Iš pradžių Archaea ir Bakterijos buvo sujungtos kaip prokariotai, nors kiekviena grupė turėjo savo karalystę. Woese teigė, kad Archaea ir Bakterijos buvo tokios skirtingos, kad iš tikrųjų priklausė atskiroms sritims, o ne tik atskiroms karalystėms.
Archaea ir bakterijų skirtumai pirmiausia yra susiję su sudėtinga genetika. Kai Woese pirmą kartą paskelbė savo pasiūlymą, genetiniai tyrimai atrodė, kad šios dvi karalystės kilo iš bendro protėvio ir kad jos buvo pakankamai panašios, todėl nereikalauja atskirų sričių. Dėl to į trijų domenų sistemą iš pradžių buvo žiūrima skeptiškai.
Tačiau tolesni tyrimai parodė, kad Woese iš tikrųjų buvo teisus ir kad šie organizmai buvo tokie genetiškai skirtingi, kad jiems reikėjo savo domenų. Archėjos ir bakterijos yra prokariotinės, tačiau jų ląstelių struktūros labai skiriasi ir jos turi labai skirtingą ribosominę RNR, o tai rodo, kad šie domenai išsiskyrė labai seniai ir iš esmės yra nesusiję. Atrodo, kad trijų domenų organizmų klasifikavimo sistema yra tikslesnė nei ankstesnės sistemos dabar, kai buvo atrasti ją patvirtinantys įrodymai.
Archėjoje yra tik viena karalystė, dar vadinama Archėja. Bakterijų domene taip pat yra tik viena karalystė, žinoma kaip bakterijos. Eukariotą galima suskirstyti į keturias karalystes: gyvūnus, augalus, grybus ir protistus. Kiekvienoje srityje egzistuoja didžiulė gyvybės įvairovė – nuo ekstremalių archejų, klestinčių aplinkoje, kuri nužudytų daugumą kitos gyvybės Žemėje, iki trapių tropinių orchidėjų augalų karalystėje.
Ši sistema ypač svarbi žmonėms, tyrinėjantiems prokariotinius organizmus, nes trijų domenų sistema pabrėžia skirtumą tarp bakterijų ir archejų. Tyrėjai paprastai specializuojasi vienoje ar kitoje srityje, naudodamiesi genetiniais tyrimais, norėdami sužinoti daugiau apie tiriamus organizmus. Kai kurie žmonės vis dar naudoja dviejų imperijų sistemą, kuri padalija ląstelių gyvybę į Prokariotą ir Eukariotą, o vėliau į atitinkamas karalystes, tačiau tai darosi vis rečiau.